La Corte de Justicia de Salta cerró, por cinco votos a cuatro, la causa por abusos sexuales en contra del religioso. En 2020, Aguilera fue expulsado de Arzobispado por seis abusos.
La Corte de Justicia de Salta declaró prescriptas las denuncias por abusos sexuales en contra del exsacerdote José Carlos Aguilera al desestimar la queja por recurso de inconstitucionalidad denegado interpuesta por el fiscal de Impugnación, Rodolfo Villalba Ovejero,
Las denuncias por abusos sexuales fueron presentadas en 2019, mientras el religioso era párroco en Campo Santo (General Güemes). En aquella oportunidad, Aguilera fue detenido y luego procesado.
Sin embargo, en junio de ese mismo año el juez de la Sala IV del Tribunal de Impugnación, Adolfo Figueroa, decidió sobreseerlo tras declarar prescriptos los delitos.
El Fiscal Villalba Ovejero presentó una queja y el mismo Juez la rechazó. Inmediatamente, el fiscal fue en queja a la Corte, afirmando que el recurso había sido mal denegado porque se estaban afectando derechos constitucionales.
Ahora, el presidente de la Corte Guillermo Catalano y los jueces Teresa Ovejero Cornejo, Sergio Fabián Vittar, María Alejandra Gauffin y Guillermo Adriano Polliotto (ad hoc), votaron por la prescripción de los delitos sexuales y los jueces Pablo López Viñals, Ernesto Samsón, Horacio José Aguilar y Adriana Rodríguez Faraldo, votaron por el rechazo del beneficio.
El excapellán de la Universidad Católica, José Carlos Aguilera fue encontrado culpable de seis abusos sexuales por el Tribunal Eclesiástico, que le aplicó la máxima pena y que quitó el estado clerical.