En 2016, fue condenado por la represión a trabajadores y sindicalistas en la última dictadura. Su defensa había conseguido que Casación revocara la sentencia, pero el máximo tribunal la revirtió.
Después de seis años de la condena a Marcos Jacobo Levin, y cinco años después de que Casación la revocara, la Corte Suprema de Justicia de la Nación confirmó que el empresario fue partícipe de delitos de lesa humanidad y que debe recibir una pena por el secuestro y las torturas al trabajador Víctor Cobos, cometidos en enero de 1977.
Ahora, la Sala III de la Cámara Federal de Casación Penal deberá declarar que este hecho fue un delito de lesa humanidad y confirmar la sentencia del Tribunal Oral Federal de Salta, que en marzo de 2016 condenó a 12 años de prisión a Levin y a igual pena a los ex policías Víctor Hugo Almirón y Víctor Hugo Bocos, y le impuso 8 años de prisión al también ex policía Enrique Víctor Cardozo.
Almirón y Bocos eran comisario y subcomisario de la Comisaría 4ª de la ciudad de Salta, y Cardozo era auxiliar de esa misma dependencia policial, que durante la dictadura funcionó como centro clandestino de detención y torturas.
Víctor Cobos fue detenido en enero de 1977, fue llevado a la Comisaría 4° y fue torturado mientras lo interrogaban y luego lo obligaron a firmar una falsa declaración en la que asumía responsabilidad por un supuesto fraude a la empresa de transporte La Veloz del Norte, donde trabajaba como chofer y era delegado gremial de la UTA. La detención se originó en una denuncia realizada por Levin, que entonces era el dueño de La Veloz del Norte. Otros 21 trabajadores de la transportista también fueron detenidos y en algunos casos torturados, estos últimos hechos se investigan en una causa separada.
En el juicio realizado en 2016, se discutió si estos hechos podían ser considerados delitos de lesa humanidad y el tribunal integrado por los jueces Carlos Jiménez Montilla, Federico Díaz y Gabriel Casas concluyó que sí y dictó sentencia condenatoria.
La defensa impugnó este fallo, y en octubre de 2017 los jueces Eduardo Riggi, Juan Carlos Gemignani y Carlos Mahiques, de la Sala III de Casación Penal, consideraron no son de lesa humanidad y que la detención y los tormentos que sufrió Cobos no respondieron al contexto de represión.
La Corte Suprema le dió la razón al Tribunal Oral de Salta y dispuso que Casación dicte una nueva resolución, que debería ser la confirmación de que son delitos de lesa humanidad y confirmar la sentencia de TOF Salta. Para decidir así la Corte Suprema hizo suyas las razones expuestas por el procurador general de la Nación Eduardo Casal cuando dictaminó para a favor de que se hiciera lugar a la queja del Ministerio Público Fiscal.